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tRNAscan-SE是一款可以在基因组上扫描tRNA的序列，也就是说你给定一组基因序列（fasta数据格式），可以用这个软件去预测这个序列是不是tRNA.具体的实现原理，我不搞生物，所以也就不太明白。tRNAscan-SE是在linux下运行的。 tRNAscan-SE有两种使用方法。 1）tRNAscan-SE的网页版（http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE），但是可能不方便也有一些文件大小限制。 2）tRNAscan-SE的本地安装。通过下载package，直接在linux运行环境下安装该环境。 步骤： $ wget http://lowelab.ucsc.edu/software/tRNAscan-SE.tar.gz $ tar zxf tRNAscan-SE.tar.gz $cd tRNAscan-SE-1.3.1 $make && make install $make testrun 这样就说明软件配置成功！ 现在就开始预测一段基因序列： 常用命令： $tRNAscan-SE -otRNA.out-f rRNA.ss-m tRNA.stats /home/gjs/fasta/h.fa 我们可以看到总共会输出三个文件出来，分别是tRNA.out、tRNA.stats、tRNA.ss. 像我们这样的人只要看第一个文件就ok了。 tRNA.out文件里面会输出我们的测试序列中tRNA的位置信息。 我们可以自己改变命令的参数，由于有时候我们穴ky"http:///qq/" target="_blank" class="keylink">qqy4srUuty24Lfdyv2+3aOsw7+0zra80OjSqsjPzqrJvrP9u/LW2NC0yP249srks/bOxLz+o6zOqsHLt72x487Sw8e/ydLU0LS49nNoZWxsvcWxvqOst72x48q508OhozwvcD4KCjxwcmUgY2xhc3M9"brush:java;">#！bin/shrm -rf /home/gjs/tRNA.outrm -rf /home/gjs/rRNA.ssrm -rf /home/gjs/tRNA.stats$ tRNAscan-SE -o tRNA.out -f rRNA.ss -m tRNA.stats $2 这样我们就可以直接调用shell脚本了。
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